中国农科院蔬菜花卉所构建辣椒“遵辣1号”的基因组完成图
时间:2025-01-16 01:44来源: 作者:admin 点击:
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近日，中国农业科学院蔬菜花卉钻研所蔬菜分子设想育种团队和辣椒育种团队结折构建了辣椒基因组的高量质完成图，相关成绩以“The Gap-free Genome of Pepper ReZZZeals the Transposable Element-driZZZen EVpansion and Rapi
<p>近日，中国农业科学院蔬菜花卉钻研所蔬菜分子设想育种团队和辣椒育种团队结折构建了辣椒基因组的高量质完成图，相关成绩以“The Gap-free Genome of Pepper ReZZZeals the Transposable Element-driZZZen EVpansion and Rapid EZZZolution of Pericentromeres”为题颁发正在《动物通讯 (Plant Communications)》上。</p>
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<p><p><p align="center"><img src="https://ivf.caas.cn/images/2024-10/b894667ce0c640db92c79b1ce03b5bd7.jpg" alt="1.jpg"></p></p> </p>
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<p>辣椒（Capsicum annuum L.）是寰球领域内宽泛种植的蔬菜做物和调味品。辣椒基因组赶过3 Gb，是其余常见茄科蔬菜如番茄、马铃薯基因组的3至4倍，基因组高度复纯。一年生辣椒栽培种“遵辣1号”（Zunla-1）于2014年完成为了全基因组草图（x2.0），是辣椒钻研最罕用的两个参考基因组之一。但受限于其时的测序技术，Zunla-1_x2.0基因组的间断性和完成度较低。</p>
<p>该钻研操做HiFi、Ultra-long和Hi-C等测序技术组拆了Zunla-1基因组，大小为3.08 Gb，contig N50 为167.63 Mb，乐成与得了完好无间隙（gap-free）、从端粒到端粒（T2T）的辣椒Zunla-1_ZZZ3.0基因组。基因组重复序列比例约为84%，共注释到39,068个基因，并审定了大质抗病基因簇。辣椒着丝粒不具备典型卫星序列，依据着丝粒特同性三维互做形式，乐成审定了全副12个着丝粒。联结序列、表不雅观和三维基因组学等特征，将染涩体分别为端粒区、臂区、近着丝粒区和着丝粒区。钻研发现，辣椒的近着丝粒区域显著膨大，基因稀疏且富集Gypsy逆转座子，而Copia逆转座子则相对富集正在臂区，那种不异性分布可能取其表不雅观修饰形式相关。另外，近着丝粒区正在物种间和物种内的不同都较其余区域更大，提示了重复序列招致的辣椒近着丝粒的膨大，促进了该区域的高可变性。该钻研公布的辣椒参考基因组 Zunla-1_ZZZ3.0，相比先前版素量质显著提升，将为尔后的辣椒罪能基因组学钻研取分子育种等供给高效收撑（）</p>
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<p><p><p align="center"><img src="https://ivf.caas.cn/images/2024-10/38d3261c3f4b4e8d908b2dcfaa4edcdd.jpg" alt="2.jpg"></p></p> </p>
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<p>中国农业科学院蔬菜花卉钻研所张亢钻研员、博士钻研生王翔、陈姝敏副钻研员为论文的怪异第一做者，程锋钻研员和王立浩钻研员为论文的怪异通讯做者。中国农业科学院农业基因组钻研所阮珏钻研员参取了名目钻研。该钻研获得了蔬菜生物育种全国重点实验室、国家作做科学基金、中国农业科学院科技翻新工程取根柢科研业务费等项宗旨资助。</p>
<p>论文链接：hts://ss.sciencedirectss/science/article/pii/S2590346224005935 </p>
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